Kluftinger (Herbert Knaup) stolpert am Ufer des Alatsees über einen Taucher in einer blutroten Lache und ein rätselhaftes Zeichen. Bei der Lösung des Falls wird der Kommissar zum ersten Mal mit seiner Kollegin Friedel Marx konfrontiert, die er am Telefon immer für einen Mann gehalten hat. So wie Marx kein Mann ist, so ist der tote Taucher nicht tot. Auf der Suche nach dem Geheimnis, das da auf dem Seegrund schlummert, sieht sich Kluftinger den mysteriösen Kräften des Alatsees ausgesetzt. Eigentlich sollte es ein schöner Sonntagsausflug werden, den Kluftinger zusammen mit seiner Familie und Yumiko, der neuen Freundin seines Sohns Markus, am Alatsee unternimmt. Aber ein toter Taucher, der gar nicht tot ist, und auch sonst nicht der, für den man ihn hält, verhindert fürs Erste die Familienzusammenführung. Da sich der Alatsee auf dem Terrain der Füssener Dienststelle befindet, ist Kluftinger bei diesem Fall gezwungen, mit der ungeliebten Kollegin Friedel Marx zusammenzuarbeiten. Der verunglückte Taucher war Mitglied einer Forschergruppe der Uni München, die mithilfe eines wertvollen Tauchroboters die Purpurbakterienschicht des Sees wissenschaftlich untersucht. Er hatte sich dort unter falschem Namen eingeschmuggelt. Aber in der Forschergruppe um Prof. Bittner bleibt er nicht der einzige falsche Student, der hier noch anderes im Sinn hat als rote Bakterien. Neben den Studenten taucht in Kluftingers Ermittlungen schon bald eine Gruppe alter Männer auf, deren Bund in den Zweiten Weltkrieg zurückreicht. Wer sich an diese Zeit noch besonders gut erinnern kann, ist der alte Martl, dessen Bruder im Zusammenhang mit den Nazi-Machenschaften am Ende des Kriegs ermordet wurde. Neben Kraft raubenden Ermittlungen sieht sich Kluftinger auf der Suche nach dem Geheimnis, das auf dem Seegrund schlummert, den mysteriösen Kräften des Alatsees ausgesetzt.