Einige Jahrhunderte herrschte Waffenruhe zwischen den Menschen und der unaufhaltsamen "Goldenen Armee" aus Kobolden. Während die Armee an einem geheimen Ort auf ihren erneuten Einsatz wartete, ging Prinz Nuada, Prinz der Elfen, ins Exil. Die Krone, die die Armee aktivieren und kontrollieren sollte, wurde in drei Stücke geteilt und auf der Welt verteilt. Im heutigen New York City braut sich Böses zusammen, denn Prinz Nuada ist zurück und entschlossen, die Armee für seinen Kampf gegen die Menschheit zu reaktivieren. In einem Auktionshaus stiehlt er den Teil der Krone, den sein Vater, König Balor, damals der Menschheit ausgehändigt hatte. Die Ereignisse im Auktionshaus rufen das FBI auf den Plan, das sofort das Spezialteam um Hellboy beauftragt. Währenddessen tötet Nuada seinen eigenen Vater, um an den zweiten Teil der Krone zu gelangen. Nuadas Zwillingsschwester Prinzessin Nuala flüchtet daraufhin mit dem dritten und letzten Teil der Krone, um einen erneuten Krieg zu verhindern. Auf ihrer Flucht trifft sie auf den Spezialagenten Abe und Hellboys Kompagnon verliebt sich sofort unsterblich in die Elfenprinzessin. Während Abes Liebe zu Nuala entfacht ist, muss sich Hellboy gegen die unheimlichsten Kreaturen Nuadas zur Wehr setzen und sich gleichzeitig um seine Beziehungsprobleme mit Freundin Liz kümmern. Dann trifft er in einem spektakulären Zweikampf auf Prinz Nuada, der ihn schwer verletzt und Abe ein Ultimatum stellt: Wenn er ihm den dritten Teil der Krone nicht aushändigt, wird er Nuala nicht wiedersehen und Hellboy sterben. Die Situation scheint ausweglos. Wird die Truppe um Hellboy die Menschheit retten und den erbarmungslosen Krieg gegen die Kobolde verhindern können?